Настроть безопасность сервера VPS c самописной CMS (eshop)

Интернет магазин с самописной платформой CMS развернут на VPS хостинге REG.RU.
Настройки VPS севера "из коробки", необходимо произвести точную настройку и позакрывать все возможные дыры в безопасности (в частности directoryindex и тд и тп). А так же проверить и скорректировать дефолтные настройки PHP и MySQL.