Восстановить работу сайта на MODX

Работает главная страница, при переходе на внутренние разделы пишет Not Found. Может с htaccess проблемы, может ещё с чем-то. Какое-то время назад сайт взламывали и накидали туда вредоносного кода. Возможно, я неправильно этот код почистил.

Условия проекта:
- MODX Revolution 2.6.1-pl
- сайт на хостинге smartape
- репозиторий на gitlab, только сегодня сделал первый коммит, предыдущий разработчик просто выложил на сервер и пропал
- доступ по ftp

Ожидаемый результат:
- работающие переходы между страницами
- найти и, если есть, устранить вредоносную нечисть и редиректы
- помощь деплоя проекта на сервер
- запушенные изменения в репозиторий

Крайний срок: вечер 3 апреля

В отклике расскажи про свой опыт работы с modx :)