Нужна помощь в настройке 1С Битрикс

Добрый день! У нас есть проблема на сайте.

Есть каталог из 1С. Настроен обмен данных. Но ввиду того, что массив данных большой, мы не используем данный обмен. Файлы загружаем вручную из файла XML, через стандартный импорт 1С Битрикс.

При выгрузке мы отмечаем галку, чтобы товары, которых нет в выгрузке, деактивировались, либо удалялись. Но они по прежнему висят на сайте. Как быть?

Так же при выгрузке бывают дубли товаров. Спецы 1С уверяют, что в программе дублей нет. Инфоблоки и каталоги грохнуть не получается, так как система ссылается на связку данных файлах с другими файлами и тд..

Нужно настроить корректный обмен из файла и дать рекомендации по обмену из 1С, чтобы можно было большие файлы отправлять ,без особых временных затрат и дробления их на сегменты (это мы уже проходили).

Готовы работать по безопасной сделке, а так же через расчетный счет!